Le contre-la-montre individuel de 56 kilomètres entre Le Creusot et Montceau-les-Mines est décisif pour la victoire finale. Nul doute que le maillot jaune à l'arrivée sera le vainqueur du Tour de France 2006.
Un duel à distance se joue entre les trois premiers du classement général. 30 secondes les séparent quand ils s'élancent du Creusot.
Le premier à arriver est Floyd Landis (Pho) : il réalise un très bon contre-la-montre. Carlos Sastre (CSC), deuxième avant le contre-la-montre, perd beaucoup de temps et le podium aux dépens de l'Allemand Klöden (Tmo). Oscar Pereiro (Cei) se bat bien et sauve sa place sur le podium du Tour de France.
Le vainqueur du contre-la-montre individuel est Honchar (Tmo) qui avait déjà gagné dans cette discipline sur la septième étape de ce Tour entre Saint-Grégoire et Rennes.
C'est Floyd Landis qui prend le maillot jaune la veille de l'arrivée sur les Champs-Elysées. Pereiro et Klöden complèteront sans doute le podium